Die zweite Generation des Mazda3 wurde im Herbst 2008 auf der Los Angeles Auto Show und der Bologna Motor Show präsentiert. Wie der Vorgänger basierte auch das neue Modell auf der gemeinsam von Ford, Mazda und Volvo entwickelten C1-Architektur, erhielt aber später die ersten Komponenten der neuen Skyactiv-Technologie wie zum Beispiel den neuen 2,0-Liter MZR DISI Benzin-Direkteinspritzer mit dem einzigartigen i-Stop Start-Stopp-System von Mazda.
Auch das Hochleistungsmodell Mazda3 MPS kehrte zurück und bot in der zweiten Generation Verbesserungen wie eine Anpassung des Drehmoment-Managements, eine optimierte Getriebeübersetzung, bessere Bremsen, Modifikationen an der Aufhängung, überarbeitete Kolben, Verbesserungen am Lenksystem und kosmetische Änderungen. Und erneut war der Mada3 MPS bei Medien und Kunden gleichermaßen beliebt.